Shinkyokushin Karate bestaat sinds 2003, en is ontstaan vanuit het Kyokushin Karate. Het full-contact Kyokushin karate is op zijn beurt, sinds 1953, weer een afgeleide van de traditionele karate stijlen.

Het gaat te ver om te stellen dat het ongewapende vechten is ontstaan in Japan, maar de huidige etiquette, benamingen van technieken en kleding zijn wel uit Japan afkomstig. De wortels van het huidige karate zijn te herleiden naar Chinese Shaolin monniken die zich bekwaamden in Kempo om zich tijdens hun reizen te kunnen verdedigen. Tijdens deze reizen deden zij ook de zuid Japanse Ryukyu eilanden aan, het tegenwoordige Okinawa en van daaruit verspreidde karate zich over Japan.
Oorspronkelijk betekende "karate" 'Techniek van de Chinese Hand' maar door een kleine aanpassing in de caligrafie is dit verbasterd tot 'Techniek van de Lege Hand', duidend op de ongewapende manier - met lege handen - van vechten.

Begin jaren 1900 was het in Japan, op last van de keizer, verboden om wapens bij zich te dragen. Dit is één van de redenen dat het Japanse volk zich bekwaamde in methodes van ongewapend vechten en verdedigen, waarvan Judo, Jui Jitsu en Karate de bekendste vormen zijn.

Jigori Kano, de grondlegger van het Judo, ontwikkelde een lessysteem waarbij Judo aan grotere groepen op klassikale wijze gedoceerd en getraind kon worden, inclusief het bekende bandensysteem. Op dit lessysteem baseerde Gichin Funakoshi in de jaren 1920 het Shotokan Karate, waarmee Funakoshi als de grondlegger van het moderne karate gezien mag worden. Bijna 100 jaar later is aan dit systeem van Kihon, Kata en Kumite in de basis niets veranderd. Vanuit het Shotokan systeem zijn vele karate systemen en stijlen afgeleid, zoals bijvoorbeeld: Shukokai, Wado Ryu, Goju ryu, Shotokai en Kyokushin.

De grondlegger van het Kyokushin Karate is Masutatsu (Mas) Oyama. De Koreaan Oyama kwam al jong in aanraking met diverse vechtsporten en vertrok als 15 jarige jongen naar Japan voor een opleiding als (gevechts)piloot. In Japan bekwaamde hij zich verder in diverse vechtstijlen totdat hij in 1938 gegrepen werd door karate en ging trainen in de dojo van Funakoshi.

Na 2 perioden van afzondering in de Japanse bergen, om zich mentaal en fysiek te verbeteren in het karate, startte Oyama in 1953 zijn eigen dojo. In deze dojo werd het Kumite (vechten) serieus beoefend, in tegenstelling tot de scholen van Funakoshi die meende dat het voldoende was om alleen kata's te beoefenen om jezelf te effectief te kunnen verdedigen. Vanuit dit verschil ontwikkelde Oyama zijn eigen karate-stijl, het 'Kyokushin Karate' wat zich wereldwijd verspreidde tot één van de grootste gevechtskunt-organisaties ter wereld.

Na de dood van Oyama in 1994 ontstaan er meningsverschillen over zijn nalatenschap en valt het wereldwijde IKO bolwerk uitéén. Aanvankelijk in 2 grote groepen; IKO1 met Matsui als voorzitter en IKO2 met Midori. In de jaren daarna ontstaan er nog meer grotere en kleinere IKO organisaties. Om zich in dit woud van IKO's te onderscheiden introduceert de groep van Midori in 2003 het Shinkyokushin karate. De voorvoeging "Shin" impliceert 'Nieuw', duidend op de nieuwe weg die het Kyokushin karate is ingeslagen en de nieuwe democratiche manier van besturen van een wereld organisatie.

In Belgie sluiten, na de dood van Oyama, shihan Michel Martin  zich aan bij de WKO groep van Kenji Midori. In 2003 resulteert dit in de officiële oprichting van de BSKO.